link
 
HAKU
suomeksi in English
Biomedicum Helsinki 1 Haartmaninkatu 8
00290 Helsinki

Biomedicum Helsinki 2 Tukholmankatu 8
00290 Helsinki

puh. 0294 1911 / 09 4711
 
© 2020 Biomedicum Helsinki - säätiö
 
Olet tässä: Etusivu > Ajankohtaista
 

Ko­ro­na­vi­ruk­sen sa­lat auki – tut­ki­jat te­hos­ta­vat vi­ruk­sen pe­ri­män kar­toi­tus­ta

SARS-CoV-2 genome clustering

SARS-CoV-2 -perimän klusterointia.
Kuva: Ravi Kant

Genomin tutkiminen antaa tietoa viruksen muuntautumisnopeudesta ja maantieteellisestä levinneisyydestä. Tämä auttaa myös valmistautumaan tulevaisuuden epidemioihin. 

Tutkijat aikovat sekvensoida SARS-CoV-2-viruksen genomin lähes kaikista COVID-19-tautiin sairastuneiden ihmisten näytteistä HUSin alueella.

Kun virus lisääntyy ihmisessä, sen genomiin syntyy pieniä muutoksia eli mutaatioita. Suurin osa muutoksista ei vaikuta viruksen ominaisuuksiin, kuten taudinaiheuttamiskykyyn, mutta niiden avulla voidaan jäljittää viruksen maantieteellistä levinneisyyttä, muuntautumisnopeutta sekä väestössä kiertävän viruspopulaation kokoa.

Sekvenssitieto julkaistaan mahdollisimman nopeasti julkisissa tietokannoissa, jotta tieto olisi pian myös muiden tukijoiden ja asiantuntijaorganisaatioiden käytössä. Viruksen genomia tutkitaan tällä hetkellä kiihtyvällä tahdilla monessa maassa, minkä ansiosta genomissa tapahtuvia muutoksia voidaan seurata lähes reaaliajassa.

– Sekvensoinnin avulla voimme ymmärtää viruksen nykyistä levinneisyyttä myös Suomessa sekä havaita erilaisten viruskantojen esiintymistä ja kehittää valmiutta tulevaisuuden epidemioihin, sanoo tutkija Ravi Kant Helsingin yliopistosta.

Tähän mennessä Suomessa on sekvensoitu yli 40 SARS-CoV-2-virusgenomia. Epidemian varhaisessa vaiheessa kaikki SARS-CoV-2-virukset olivat samankaltaisia kuin pääasiassa Italiasta muualle Eurooppaan levinneet viruskannat. Maaliskuun toisesta viikosta lähtien sekvenssejä vertailemalla havaittiin, että paikalliset tartunnat ovat lisääntyneet.

– SARS-CoV-2-viruksen kokogenomisekvenssejä tutkimalla voimme seurata eri SARS-CoV-2-viruskantojen muuntautumiskykyä hyvin korkealla tarkkuudella. Jos toinen epidemia-aalto tulee esimerkiksi ensi syksynä, on tärkeää erottaa keskenään SARS-CoV-2-viruksen paikallinen leviäminen ulkomailta tuoduista viruskannoista, zoonoosivirologian tutkimusryhmän sekvensointityötä johtava tutkija Teemu Smura kertoo.

Nyt tutkijat tehostavat sekvensointia yhdistämällä Helsingin yliopiston virologian osastolla toimivan, professori Olli Vapalahden johtaman zoonoosivirologian tutkimusryhmän voimavarat Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) ja Biotekniikan instituutin (BI) kanssa.

Tämä mahdollistaa lähes kaikkien saatavilla olevien näytteiden sekvensoinnin. Tutkijat käyttävät uuden sukupolven sekvensointimenetelmiä, joiden avulla näytteet voidaan sekvensoida 2–3 päivässä.

Verk­ko­si­vus­to esit­te­lee tut­ki­joi­den pon­nis­te­lu­ja ko­ro­na­krii­sis­sä

– Tutkijat ympäri Suomen tekevät yhteistyötä COVID-19-virusta vastaan, kertoo Ravi Kant.

Yksi yhteistyön muoto on Helsingin yliopiston COVID-19-ryhmä, jonka verkkosivut esittelevät tutkijoiden ja tutkimusryhmien ponnisteluja COVID-19-pandemian parissa. Yhteistyössä ovat myös HUS ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitos THL.

Verkkosivuilla listataan yksityiskohtaisesti useita koronavirukseen liittyviä tutkimushankkeita.

Lue myös: Viruksen sekvensointi

Li­sä­tie­to­ja:

Teemu Smura, FT, Helsingin yliopisto
Puh. 02941 26480
Sähköposti: teemu.smura@helsinki.fi

Ravi Kant, FT, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. 02941 57054
Sähköposti: ravi.kant@helsinki.fi 

Teksti: Miia Soininen

8.4.2020/kv 

Ko­ro­na­vi­ruk­sen sa­lat auki – tut­ki­jat te­hos­ta­vat vi­ruk­sen pe­ri­män kar­toi­tus­ta

SARS-CoV-2 genome clustering

SARS-CoV-2 -perimän klusterointia.
Kuva: Ravi Kant

Genomin tutkiminen antaa tietoa viruksen muuntautumisnopeudesta ja maantieteellisestä levinneisyydestä. Tämä auttaa myös valmistautumaan tulevaisuuden epidemioihin. 

Tutkijat aikovat sekvensoida SARS-CoV-2-viruksen genomin lähes kaikista COVID-19-tautiin sairastuneiden ihmisten näytteistä HUSin alueella.

Kun virus lisääntyy ihmisessä, sen genomiin syntyy pieniä muutoksia eli mutaatioita. Suurin osa muutoksista ei vaikuta viruksen ominaisuuksiin, kuten taudinaiheuttamiskykyyn, mutta niiden avulla voidaan jäljittää viruksen maantieteellistä levinneisyyttä, muuntautumisnopeutta sekä väestössä kiertävän viruspopulaation kokoa.

Sekvenssitieto julkaistaan mahdollisimman nopeasti julkisissa tietokannoissa, jotta tieto olisi pian myös muiden tukijoiden ja asiantuntijaorganisaatioiden käytössä. Viruksen genomia tutkitaan tällä hetkellä kiihtyvällä tahdilla monessa maassa, minkä ansiosta genomissa tapahtuvia muutoksia voidaan seurata lähes reaaliajassa.

– Sekvensoinnin avulla voimme ymmärtää viruksen nykyistä levinneisyyttä myös Suomessa sekä havaita erilaisten viruskantojen esiintymistä ja kehittää valmiutta tulevaisuuden epidemioihin, sanoo tutkija Ravi Kant Helsingin yliopistosta.

Tähän mennessä Suomessa on sekvensoitu yli 40 SARS-CoV-2-virusgenomia. Epidemian varhaisessa vaiheessa kaikki SARS-CoV-2-virukset olivat samankaltaisia kuin pääasiassa Italiasta muualle Eurooppaan levinneet viruskannat. Maaliskuun toisesta viikosta lähtien sekvenssejä vertailemalla havaittiin, että paikalliset tartunnat ovat lisääntyneet.

– SARS-CoV-2-viruksen kokogenomisekvenssejä tutkimalla voimme seurata eri SARS-CoV-2-viruskantojen muuntautumiskykyä hyvin korkealla tarkkuudella. Jos toinen epidemia-aalto tulee esimerkiksi ensi syksynä, on tärkeää erottaa keskenään SARS-CoV-2-viruksen paikallinen leviäminen ulkomailta tuoduista viruskannoista, zoonoosivirologian tutkimusryhmän sekvensointityötä johtava tutkija Teemu Smura kertoo.

Nyt tutkijat tehostavat sekvensointia yhdistämällä Helsingin yliopiston virologian osastolla toimivan, professori Olli Vapalahden johtaman zoonoosivirologian tutkimusryhmän voimavarat Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) ja Biotekniikan instituutin (BI) kanssa.

Tämä mahdollistaa lähes kaikkien saatavilla olevien näytteiden sekvensoinnin. Tutkijat käyttävät uuden sukupolven sekvensointimenetelmiä, joiden avulla näytteet voidaan sekvensoida 2–3 päivässä.

Verk­ko­si­vus­to esit­te­lee tut­ki­joi­den pon­nis­te­lu­ja ko­ro­na­krii­sis­sä

– Tutkijat ympäri Suomen tekevät yhteistyötä COVID-19-virusta vastaan, kertoo Ravi Kant.

Yksi yhteistyön muoto on Helsingin yliopiston COVID-19-ryhmä, jonka verkkosivut esittelevät tutkijoiden ja tutkimusryhmien ponnisteluja COVID-19-pandemian parissa. Yhteistyössä ovat myös HUS ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitos THL.

Verkkosivuilla listataan yksityiskohtaisesti useita koronavirukseen liittyviä tutkimushankkeita.

Lue myös: Viruksen sekvensointi

Li­sä­tie­to­ja:

Teemu Smura, FT, Helsingin yliopisto
Puh. 02941 26480
Sähköposti: teemu.smura@helsinki.fi

Ravi Kant, FT, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. 02941 57054
Sähköposti: ravi.kant@helsinki.fi 

Teksti: Miia Soininen

8.4.2020/kv